Asal usul desa Nglutung adalah ditemukannya sebuah pohon besar “Elow Buntung” di dukuh Ngelo oleh pujangga kuno yang akhirnya diberi nam desa Nglutung. Pujangga tersebut bernma Malang dan sekaligus sebagai lurah pertama pada tahun 1800 – 1834.

Lurah Malang juga membagi wilayah desa menjadi lima dusun, yaitu dusun Tlogo, karena ada genangan air yang menyerupai tlogo; dusun Wotgalih karena ada jembatan yang berasal dari batu api tapi warna batu tersebut menerupai kayu; dusun Badong karena ditemukannya Badong Haji yang jatuh, masyarakat tidak berani membawanya pulang dan akhirnya dipemdam dan tepat pemendaman tersebut dianggap keramat sampai sekarang; dukuh Cerme karena di masa lampau banyak sekali pohon cerme; dan yang terakhir dusun Pakel karena dulunya banyak ditemukan pohon pakel.